يعد برنامج منح مؤسسة الملك فيصل الخيرية للتميز الأكاديمي أحد أهم البرامج التي أنشأتها المؤسسة، حيث كانت المؤسسة تتلقى الكثير من طلبات الحصول على منح دراسية للطلاب والطالبات من جميع أنحاء العالم، وذلك لمتابعة التحصيل العلمي في مختلف التخصصات والمراحل العلمية، بدءاً من المرحلة الابتدائية ووصولاً إلى برامج ما بعد الدكتوراه، وقد بلغ إجمالي الإنفاق الخيري على برنامج المنح الدراسية أكثر من 126  مليون ريـال سعودي حتى اليوم، والذي استفاد منه مئات الطلاب والطالبات من مختلف الجنسيات ممن انطبقت عليهم شروط الحصول على المنح.